Musicologue, conférencier, enseignant, producteur d'émissions de radio et télévision, Gilles Cantagrel a été directeur de France Musiques, conseiller artistique à Radio France et vice-président de la commission musicale de l'Union Européenne de Radiodiffusion et Télévision. Il a également été maître de conférences à la Sorbonne et a enseigné au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris. Membre du Haut Comité des célébrations nationales, il est aussi président de l'Association des Grandes Orgues de Chartres, administrateur de diverses institutions, dont le Centre de Musique Baroque de Versailles, et membre du Conseil de Surveillance de la Fondation Bach de Leipzig.
Ecrivain, il a publié de nombreux articles de revues, dictionnaires et encyclopédies en France et à l'étranger, ainsi que plusieurs ouvrages. Spécialiste de Bach et de son époque, il a publié "Bach en son temps (1997)", "Le moulin et la rivière", "Air et variations sur J.S. Bach (1998)", "Passion Bach", "L'album d'une vie (2000)", "Georg Philipp Telemann ou le célèbre inconnu (2003)", "La Rencontre de Lübeck, Bach et Buxtehude (2003)", "Les plus beaux manuscrits de la musique classique (2003)".
Il a publié récemment "Les plus beaux manuscrits de Mozart" et "Mozart, Don Giovanni, le manuscrit" (2005), "Buxtehude" (2006).